Zonder buitenlandse hulp leek het onwaarschijnlijk dat de opstandige gewesten zouden slagen, maar al voor het einde van de 16^e eeuw zou de Republiek der Zeven verenigde Nederlanden als overwinnaar uit de strijd komen. Dit het het te danken aan (1) bondgenoten, (2) materiële kracht, (3) ideële kracht, hogere bezieling en (4) energieke leiding en organisatorisch vermogen.

(1) internationaal vonden er in 1588 en 1589 grote veranderingen plaats: Filips II had in 1588 zijn armada zonder veel succes naar Engeland gestuurd. De Engelsen vonden zich nu zelf rechtstreeks door Spanje bedreigd en bovendien achtte ze een overwinning mogelijk, wat twijfel voor hulp aan de Republiek wegnam.
In Frankrijk werd in 1589 Hendrik III vermoord (de laatste koning uit het huis Valois). Zijn opvolger werd Hendrik (IV) van Bourbon, een protestant. Filips II gebood daarom zijn landvoogd Parma, het zwaartepunt van zijn militaire operaties naar Frankrijk te verplaatsen. Het is niet onmogelijk dat dit de Republiek van de ondergang heeft behoed.

Vanaf 1579 beginnen de wegen zich te scheiden, vanaf dan verandert geschiedenis van de Nederlanden in geschiedenis van twee Nederlanden. De Zuidelijke Nederlanden keren terug onder het gezag van Filips II, de Noordelijke zullen zich ontwikkelen tot vrije Republiek, een statenbond olv. Holland.

Dit was slechts een geleidelijk proces, in 1576 hadden de zeventien gewesten zich met elkaar verbonden in de Pacificatie van Gent, ze hadden één gezamelijk doel nl. het herstel van de vrede. De Waalse gewesten sloten in 1579 de Unie van Atrecht op basis van handhaving van hun previlegies en trouw aan het katholieke geloof, dit betekende de facto de verzoening met Filips II. Het antwoord van de andere gewesten was de Nadere Unie of de Unie van Utrecht (1579), een militair bondgenootschap om vrijheid van godsdienst te bevechten.

Het formele afscheid van Filips II volgde twee jaar later wanneer de Staten-Generaal van de opstandige provincies het plakkaat van verlating goedkeurde. Hierdoor was een vergelijk onmogelijk geworden en zouden de gewesten van de Nadere Unie een gehele overwinning nodig hebben. De strijd verliep niet positief, in 1585 gingen Brabant en Vlaanderen definitief verloren.

Men besefte dat buitenlandse hulp noodzakelijk was. Nog voor Willem van Oranjes dood in 1584 mislukte de samenwerking met de Franse hertog van Anjou die souvereiniteit wenste. Later zou met de Engelse Robert Dudley, graaf van Leicester de laatste poging om de Noordelijke Nederlanden onder buitenlands gezag te zetten afspringen. De praktijk veranderde de sinds 1581 de monarchie in een republiek ook al werd dit nooit in een formeel besluit bevestigd.

Zie kaarten HB p. 116.

In de loop van 1577 grepen de middenklassen de politieke macht. Het getalm van de grote politiek moe, installeerden ze in de grote steden Calvinistische Stadsbesturen. De Calvinistische Republiek Gent was hierin de meest radicale. Overal in de Nederlanden was het Calvinisme de belangrijkste religie, hoewel Antwerpen een internationaal trefpunt werd voor alle protestanten.

De belangrijkste verwezenlijkingen van de Gentse Republiek lagen vooral op het intellectuele vlak. Scholen werden opgericht en verwierven vaak internationale faam. Na de onderwerping van Gent in 1584 werden de experimenten opgeheven, hoewel ze vaak nog sporen nalieten in het Noorden, mede door de uitgebreide immigratie.

Op 23 januari 1579 werd de Unie van Utrecht gesloten, waarin Gent, Brabant, Vlaanderen met Doornik, Holland, Zeeland en Gelre afspraken om geen afzonderlijke vrede te zullen sluiten met Filips II.

Alexander Farnese, de nieuwe landvoogd van de Nederlanden zorgde voor de vorming van de Unie van Atrecht op 6 januari 1579, door in te spelen op de onvrede in de Waalse gewesten. Daar had het Calvinisme geen voet aan de grond gekregen en waren de traditionele structuren beter bewaard. Door de belofte van herstel van de privileges en de terugtrekking van vreemde troepen, had Farnese Artesië, Henegouwen, Namen en Luxemburg aan zijn kant gekregen. Dit werd de basis van waaruit de herovering zich zou voortzetten en het begin van een nieuwe scheidingslijn in de gewesten van de Lage Landen.

In 1575 werd het tweede Spaanse Staatsbankroet uitgeroepen na de oorlogsvoering op twee fronten (tegen de Turken en in de Nederlanden). Daarom koos de gematigde nieuwe landvorst Requesens voor onderhandelingen met de opstandelingen, die echter op niets uitliepen door de eisen van de opstandelingen. (de eisen waren medebestuur door de Staten, vertrek van vreemde ambtenaren en soldaten en de opschorting van geloofsvervolging.)

Na het overlijden van Requesens in maart 1576, ontstond een nieuw machtsvacuüm, waarin de verschillende Staten onderlinge overeenkomsten sloten. De Staten-Generaal besloot in oktober 1576 om dezelfde eisen als tijdens de onderhandelingen te blijven stellen. Op 8 november 1576 ondertekenden de staten van Brabant, Gelre, Vlaanderen, Holland en Zeeland de Pacificatie van Gent. De oostelijke staten waren het hier niet mee eens, zij hadden immers minder te lijden onder de repressie.

De Statenvergaderingen werkten een nieuwe staatsorde uit, gebaseerd op de oude privileges en medezeggenschap van de lokale en gewestelijke vertegenwoordigers. Ook werd de vorst gebonden aan constitutionele regels, die bij niet-naleven inhielden dat de vorst afgezet kon worden door de Staten, die dan een betere opvolger zouden voorzien. Hiervoor kon men verwijzen naar de Blijde Inkomsten van Filips II en naar precedenten.