De komst van de radicaal vertegenwoordiger van de harde lijn, Hertog van Alva, zorgde voor een scherpe polarisering, mede door de installatie van de Raad van Beroerten. De geheime processen en de Spaanse rechters zorgden voor onvrede, die tot een hoogtepunt kwam na de onthoofding van de graven van Egmond en Horne voor majesteitsschennis, midden 1567. Ook Willem van Oranje werd voor de Raad gedaagd, maar was de Nederlanden al ontvlucht. De massale vervolgingen zorgden ook voor een massale vlucht onder de gewone mensen. In oktober 1568 deed Oranje een inval in de Nederlanden, die mislukte maar traditioneel gezien wordt als het begin van de Tachtigjarige oorlog.

Alva, landvoogd sinds 1567, probeerde om de Nederlanden te besturen met heldere beleidsinstrumenten. Voorbeelden hiervan zijn de Criminele Ordonnantiën en de vaste belastingen om de financiering van de staat regelmatiger te maken. Ondanks de voordelen van vaste belastingen voor zowel staat als bevolking, was de Staten-Generaal ernstig ontevreden, omdat ze hierdoor hun drukmiddel verloren waren. Door de harde aanpak zorgde de regering voor een verdere vervreemding van de bevolking.

Ondertussen werd in juli 1572 de eerste vrije Statenvergadering in Holland georganiseerd, waar beslist werd om Willem van Oranje terug te roepen en een godsdienstvrijheid uitgeroepen werd. Samen met de aanzet tot een nieuwe staatsinrichting met financieel draagvlak, waren dit extreem opstandige beslissingen, die een militaire repressie door Alva uitlokten. Zijn troepen waren van 67 000 manschappen in 1572 aangegroeid tot 86 000 in 1574.

Vaak koos de bevolking voor het minste kwaad in de vorm van Oranje, hoewel ze het niet met hem eens waren. Ze waren het immers nog veel minder eens met Alva.

Na een bewind van 6 jaar, was de balans voor Alva zeer negatie. Niet alleen had hij bestuurlijk en militair gefaald, steeds meer Nederlanders kozen voor de opstand en de schatkist had zwaar te lijden onder zijn pogingen te opstand neer te slaan.

Door enkele serieuze schokken in de economie, zagen verschillende groepen hun welvaart aangetast. Door de serieuze staatsschulden van Spanje, dat zelfs door de zilvervloten uit de nieuwe wereld niet gered kon worden van een serie Spaanse Staatsbankroeten, aangevuld met de Engelse terugtrekking uit de Nederlanden, ontstonden massale werkloosheid en ernstige economische crisis. Met daarbij nog een ernstige voedelscrisis in 1564-1565, was het ongenoegen tot ongekende hoogtes gegroeid.

In deze context kan met het Eedverbond der Edelen zien, die met een smeekschrift de opschorting van de plakkaten vroegen, om het opstandige klimaat enigszins te verzachten. Twee vertegenwoordigers werden op gezag van de landvoogdes naar de koning gezonden, waar ze als rebellen vervolgd werden.

De hele zaak escaleerde toen op 10 augustus 1566 de Beeldenstorm uitbrak. In het dorp Steenvoorde werden de ‘paapse afgodsbeelden’ vernietigd na een calvinistische preek, die snel navolging vond in de rest van het land. In het daaropvolgende ‘wonderjaar’ was de religieuze tolerantie een feit. Van zodra de schatkist het weer toeliet, zond Filips II troepen naar de Nederlanden om de aantasting van de kerk ongedaan te maken. Toen deze aankwamen, was de rust alweer teruggekeerd. Ondanks de vraag van de landvoogdes om deze zending ongedaan te maken, kwartierde de Hertog van Alva toch vreemde soldaten in in de grootste steden. Deze bedoelde ordehandhaving werd geïnterpreteerd als een ernstige provocatie.

Er was op dat moment een feitelijke godsdienstvrede, door het toestaan van de protestantse prediking als de katholieke eredienst maar gerespecteerd bleef. Hierdoor groeide de calvinistische macht, onbedoeld, snel, waardoor al snel machtsgrepen plaatsvonden, tot groot ongenoegen van de katholieken.

Het laatste derde van de zestiende eeuw is niet alleen een essentieel deel van de Nederlandse geschiedenis, het maakt deel uit van de wereldgeschiedenis door zijn opzet. Een opstand van de kern van de wereldeconomie tegen het machtigste rijk ter wereld. Absolutisme en hardnekkige godsdienstvervolgingen druisten in tegen de open mentaliteit en de traditie van autonomie, waardoor alle bevolkingslagen betrokken werden in het protest. Een factor was de persoonlijkheid van Filips II, hij wenste immers niet te onderhandelen met ketters en rebellen, waardoor vreedzame oplossingen onmogelijk gemaakt werden.

De koning wou, ondanks de geografische afstand en zijn onbekendheid met de streek, alle touwtjes per se zelf in handen houden. Daarom was hij afhankelijk van de langzame en gefilterde informatie. Ook de uitgestrektheid van zijn rijk was problematisch, hij moest immers zijn prioriteiten leggen in het belang van het hele rijk. Zijn twijfelende persoonlijkheid zorgde er vaak voor dat de situatie uit de hang liep en hij er geen controle meer over had. Zijn bevelen kwamen vaak achter op de realiteit. Hierdoor ontstond in de Nederlanden vaak een machtsvacuüm, dat dan opgevuld werd door de oppositie.

Tussen de hardnekkige monarch en de dynamische, pluriforme samenleving in de Nederlanden ontstond een ware cultuurkloof, die later een strategisch voordeel werd voor de opstandelingen, die daardoor de oplossing konden bieden voor de problemen in het land.

Het probleem bij de geschiedsschrijving over de opstand is dat men vaak focust op een enkel aspect van de opstand. Het totaalbeeld komt zelden aan bod.

Tussen 1566 (de beeldenstorm) en 1588 (de vestiging van de Republiek) was er een geleidelijke radicalisering en polarisering, waardoor de gematigde opties stilaan onmogelijk gemaakt werden. In 1581, bij de ultieme vraag als men met de koning zou breken of niet, waren er drie kampen. Een eerste, met de Waalse gewesten, had zich al verzoend. Het tweede kamp, bestaande uit Vlaanderen, Brabant, Holland, Zeeland en Friesland namen totale afstand, en de derde groep, met Gelre, Utrecht en Overijssel sloten zich bij geen van beiden aan. Deze verdeling was te verwachten door socio-economische en geopolitieke redenen (kern-periferie). De uiteindelijke scheiding tussen noord en zuid was dat heel was minder.

De verspreiding van de nieuwe religies ging veelal door de meer verstedelijkte gebieden, die hiervoor meer openstonden. Vaak waren in de grote steden een minderheid uitgesproken Calvinisten, een minderheid overtuigde katholieken en een grote meerderheid onbeslisten, die eigenlijk al niet meer trouw waren aan Rome.

Protestantisme was, naast een persoonlijke keuze, ook een afwijzing van de intense vervlechting van Kerk en Staat, waarbij de monarch uitverkoren was door God en de monarch ook zijn uiterste best deed om de kerk te beschermen. Een typevoorbeeld hiervan is kardinaal Granvelle.

Daarnaast lag er ook een grote aantrekkingskracht in de authenticiteit en het hoopgevende van de protestantse boodschap.

De verwevenheid van kerk en staat zorgde er uiteindelijk voor dat wie wou veranderen van religie, zich ook tegen de staat moest keren.

Willem voor Oranje was tussen 1564 en 1566 de aanvoerder van de legale oppositie in de Raad van State. Men wou terugkeren van het autoritaire bewind van Filips II, en de onderdanen zelf meer keuze laten. Willem bleef katholiek tot 1566, maar verwierp de gedachte dat de vorsten beslissen over het geweten van hun onderdanen. De Raad van State verzond dit verzoek naar de koning, die liet weten dat men de harde vervolging moest verderzetten. Hierdoor werd de trouw van de gematigde oppositie moeilijker en werd de opschorting van de plakkaten de eis van een zeer brede beweging.

Aan het deel uitmaken van een wereldrijk waren ook nadelen verbonden. Door de toenemende oorlogsvoering moesten de Staten steeds grotere beden toestaan, de kredieten van de regering zorgden voor torenhoge rentes, waardoor dan weer de handel gedwarsboomd werd.

Naast de economische problemen was er ook nog de keiharde repressie tegen de ketters. Ondanks de plakkaten, had de reformatie zich snel doorheen de hele Nederlanden verspreid. De Inquisitie maakte ook steeds meer slachtoffers, vooral toen Filips II de macht overnam.

Al deze zaken waren een aantasting van de burgerlijke vrijheden door de regering. Het was het begin van de desintegratie van de XVII Provinciën, vanaf 1560.