De godsdiensttwisten waren het gevolg van het proces van calvinisering dat de gereformeerde kerk in Holland sinds 1572 bezig was te ondergaan. Eenheid van leer was daarbij het belangrijkste programmapunt. Predikanten dienden in te stemmen met de gereformeerde belijdenis zoals omschreven in de Heidelberger catechismus en de Confessio Belgica.

Jacobus Arminius zelf een predikant heropende de conventionele discussie over Calvijns leer van verkiezing en verwerping. Volgens het calvinisme was de mens als gevolg van de zondeval niet meer in staat goed te doen. De kracht om de zonde te breken bezat de mens niet meer. Zijn enige redding lag in gods genade, sommigen ontvingen die, anderen niet. Wie van het eeuwige leven zou kunnen genieten hing volledig af van de beschikking gods. Een deugdzaam leven was niet de voorwaarde voor de verlossing maar haar resultaat. Als de mens slechts door gods vrije verkiezing kan worden gered en niet door eigen kracht is het dan nog schuldig aan de zonde waaraan hij niet kan ontkomen? Het calvinisme lost dit dilemma niet op, verkiezing (door god) is genade en toch is verwerping schuld.

Hierop richtte zich dan ook de kritiek van Arminius, volgens hem waren de uitverkorenen diegenen van wie god had voorzien dat ze zouden geloven. Verkiezing als gevolg van geloof dus.

Arminius' aanhangers werden meer en meer geweerd uit de kerkelijke vergaderingen waarop zij gehoor vonden bij de Staten van Holland met hun remonstratie waarin ze hun gevoelen onder woorden brachten (vandaar remonstranten). Hun tegenstanders werden contraremonstranten genoemd naar het bewaarschrift dat zij als reactie indienden.

Oldenbarnevelt verdedigde de remonstrantse minderheid waarmee hij zichzelf nog verdachter maakte.

De staten van Holland wilden dat beide partijen elkaar volledig zouden aanvaarden, dit kwam neer op een hervorming van de kerk volgens libertijns model. In de kerk bleek men daar niet toe bereid wat op heel wat plaatsen tot een scheuring binnen de kerk leidde. De staten konden nu hun nederlaag erkennen en de kerk in haar eigen zaken laten beslissen of ze konden hun wil met geweld opleggen. Die laatste optie hebben ze gekozen, enerzijds vonden ze zichzelf in hun recht, de kerk was te belangrijk om aan anderen over te laten. Anderzijds druisde dit in tegen de fundamentele principes van de verdraagzaamheid, ze wensten een tolerante kerk, maar wat als deze kerk niet tolerant wilde zijn?

In augustus 1617 lieten de staten van Holland de steden toe om eigen soldaten zgn. waardgelders aan te werven om godsdienstige woelingen de kop in te drukken (Scherpe Resolutie).

Maurits zag deze resolutie als het inzetten van soldaten om de uitoefening van de gereformeerde religie te beletten, wat precies in het beleid paste gericht op de onderwerping van de Republiek aan Spanje. Hij zette zich dan ook actief in om de contraremonstranten te steunen. Als kapitein-generaal van het leger haalde Maurits al snel zijn slag thuis, in augustus 1618 werden Oldenbarnevelt werd opgepakt en terechtgesteld.

De conflicten van het twaalfjarig bestand moeten in het licht van de buitenlandse politiek beoordeeld worden. Het christelijk Europa kent in die periode twee grote interne tegenstellingen, de ene tussen Rome en de reformatie, de andere tussen Habsburg en Frankrijk. Ieder die zich door Habsburg bedreigd voelde zou als vanzelf steun zoeken bij Frankrijk (cfr. Republiek). Maar Frankrijk was katholiek, wie de godsdienstige verschillen beschouwde als het fundament van de internationale tegenstellingen zou Frankrijk nooit echt kunnen vertrouwen. Dit was nu de tegenstelling tussen Maurits en Oldenbarnevelt.

Oldenbarnevelt heeft altijd vastgehouden aan een alliantie met Frankrijk, deze moesten wel steun geven om niet in de tang te geraken tussen de Spaanse Nederlanden en het Spaanse moederland. Willem van Oranje had deze redenering gevolgd, zijn broer Jan van Nassau probeerde een protestants alternatief te zoeken in de protestantse Duitse vorsten, zonder veel succes. Na Oranjes dood werd volop de Engelse kaart getrokken.

In 1609 stierf de kinderloze hertog van Gulik, de Franse koning Hendrik IV maakte aanstalte om enkele protestantse kandidaat-opvolgers ter hulp te komen, maar Hendrik werd vermoord. Het gevolg hiervan was dat de nieuwe Franse regering een voorzichtigere politiek ging voeren en aanstuurde op een Frans-Spaans dubbelhuwelijk.

Oldenbarnevelts pro-Franse opvattingen bleven hetzelfde. De toekomst zou hem gelijk geven, Frankrijk bleef de Republiek ook na 1621 steunen en zou in 1635 opnieuw zelf oorlog voeren tegen Spanje. Oldenbarnevelts opvattingen over de buitenlandse politiek maakten hem hoe dan ook verdacht maar zouden pas fataal worden door een tweede motief van wantrouwen, de godsdiensttwisten.

Deze vredesonderhandelingen leidden in 1609 tot het twaalfjarig bestand. Het was een periode met een algemene oorlogsverwachting in Europa. Alle bestaande en opkomende tegenstellingen plaatste men in één groot ideologisch perspectief (Rome vs reformatie). De oorlog in de Nederlanden, de strijd tussen Polen en Zweden en de groeiende spanningen in het Duitse Rijk tussen de katholieke Liga en de protestantse Liga werden in dat licht gezien.

Het wantrouwen van de Republiek tegenover Spanje was te groot om tot een werkelijke vrede te komen. Spanje wilde dat de Nederlanders uit Indië zouden vertrekken, dat ze de vrije vaart op Antwerpen zouden toestaan en vooral dat ze godsdienstvrijheid zouden toestaan.

De Republiek is op geen van deze eisen ingegaan, de sluiting van de Schelde was begrijpelijk. De katholieken in de Republiek waren vormden een apart vraagstuk. De Republiek, die zich vereenzelvigde met de protestantse zaak, zou deze katholieken als een vijand binnen de eigen muren moeten beschouwen en er hard moeten tegen optreden. De Republiek heeft dit niet gedaan omdat het ook niet nodig bleek. De noord-Nederlandse katholieken wilden wel verandering maar streefden er zeker niet naar deze zelf tot stand te brengen. Vooral in Holland was men zeer tolerant, enerzijds werd het protestants karakter van de staat en de bevoorrechte positie van de heersende kerk behouden. Anderzijds wilde men de talrijke katholieken niet tarten en verleende men hen vrijheid van geweten (wat niet het zelfde is als vrijheid van eredienst).

Op lange termijn heeft deze tolerantie de Nederlanse cultuur ingrijpend veranderd, op korte zou ze weldra op de proef gesteld worden in de godsdiensttwisten van het twaalfjarig bestand.

Omstreeks 1598 ging de oorlog een nieuwe fase in, de verovering van de oostelijke Nederlanden was voltooid, men kon nu nieuwe veroveringen ondernemen in zuidelijke richting. In 1600 wilde Oldenbarnevelt Duinkerke, de thuishaven van de Spaanse kaapvaart, veroveren. Maurits volgde hem hierin al was dat niet van harte. Dit leidde tot de slag bij Nieuwpoort die door de Republiek werd gewonnen maar verder niets opleverde. Wel leerde deze slag dat de oorlog niet snel beslist zou worden en dat de Vlaamse bevolking niet onverdeeld partij zou kiezen voor het leger van de Staten-Generaal.

In de Republiek zelf bleven de immigranten Holland zien als een toevluchtsoord waar ze slechts tijdelijk wensten te verblijven. Ze waren van groot belang in handel en nijverheid en in kunst en wetenschap maar ze bleven van bestuur en beleid uitgesloten waardoor hun wens tot verovering van de Zuidelijke Nederlanden de politiek niet kon beïnvloeden.

Wilden de grote leiders deze verovering wel nog. Groeide de neiging niet om de Republiek meer en meer als een voltooid geheel te beschouwen. Bovendien waren Oldenbarnevelts eerste politieke tegenstanders allemaal uit de zuidelijke provincies afkomstig geweest, zijn latere kerkelijke tegenstanders waren dat niet maar hij heeft het wel altijd zo gezien. Voor Oldenbarnevelt en voor vele anderen uit vooral Holland was de verovering van Brabant en Vlaanderen geen vanzelfsprekend oorlogsdoel meer.

Dit zou misschien anders zijn uitgedraaid indien de internationale ontwikkelingen er voor de Republiek beter hadden uitgezien. Frankrijk (1598) en Engeland (1604) hadden reeds vrede gesloten zodat Spanje zich weer geheel op de Nederlanden kon richten. Dit leidde niet tot een werkelijk Spaans overwicht waardoor zowel in Spanje als in de Republiek de indruk groeide dat de oorlog niet meer gewonnen kon worden. Het was tijd voor vredesonderhandelingen.