De staatsgreep in 1797 bracht het Consulaat aan de macht, waarbinnen Bonaparte snel de macht naar zich toe trok. Het nieuwe regime stond voor herstel van wet, orde en eendracht. De prefecten in de Nederlanden waren allen van Franse origine. Met de verdragen van Lunéville (1801) en Amiens (1802) verkreeg Bonaparte de erkenning van de definitieve inlijving van de Zuid-Nederlandse gewesten van Groot-Brittannië en Oostenrijk.

De kerk kon weer vrijer ademen: in 1801 werd met de kerk een concordaat gesloten die de kerk in een nieuwe ordening herstelde, maar die het staatshoofd wel grote invloed gaf, het aantal bisdommen werd teruggebracht op 5 en bezet door de Fransen. Door deze maatregel konden veel Zuid-Nederlanders zich tijdelijk verzoenen met het Franse regime. Dit kwam ook door materiele redenen: onder het Consulaat herleefde de economie (opening schelde, integratie Belgische departementen in Franse markt en kredietwaardigheid werd hersteld), de armenzorg kreeg een nieuwe structuur en er ging aandacht naar het onderwijs.

In 1804 werd Bonaparte keizer en met zijn wetboeken legde hij de basis voor het huidige rechtsysteem. Er traden ook nieuwe ambtenaren aan, de keizer probeerde de oude adel voor zich te winnen en er werd nieuwe adel gecreëerd. Voor velen leek de goede ouwe tijd teruggekeerd.

De keizerlijke regering zette zich in voor het herstel van onderwijs, cultuur en wetenschap volgens een verlicht-absolutistische en centralistische geest: lageronderwijs werd verwaarloosd, het middelbaar onderwijs kreeg nieuwe structuren, vele colleges hadden succes, overal ontstonden er kostscholen, de mooi in de pas lopende clerus mocht kleinseminaries oprichten en 1806 werd het hele onderwijs geïntegreerd in één Keizerlijke Universiteit.

In de meeste steden werden geleerde genootschappen, meestal door de overheid, opgericht.

Toen Napoleon in 1810 de aangehechte departement bezocht ondervond hij dat de bevolking meer sympathie had voor keizerin Marie Louise. Door het steeds strakkere bewind was er inderdaad ontevredenheid: de lange reeks Napoleontische oorlogen had een zware conscriptie als gevolg en de verfransingspolitiek zet bij velen kwaad bloed (in 1813 was de volkstaal volledig verdwenen uit het openbaar leven).

De keizerlijke kerkpolitiek kreeg nu ook weer veel weerstand: door de invoering van één enkele catechismus en door de aanhouding van Pius VII. In 1811 griep Napoleon een Nationaal Concilie bijeen om de Franse kerk, los van de paus, te reorganiseren. Dit had echter weinig succes.

Enkel door repressief op te treden slaagde de regering de Belgische departementen in 1813 te behouden in tegenstelling tot de Noordelijke gewesten die zich met buitenlandse steun konden losmaken van het Franse keizerrijk. In 1813-1814 verloren de keizerlijke legers steeds en nam de druk af en ontruimden de Fransen geleidelijk aan Zuidelijke gewesten. In 1814 werden die overspoeld met Pruisen en Russen. De Orangistische agitatie werd door de geallieerden tegenwerkt: Willem van Oranje kreeg het Zuiden, maar mocht het niet zelf veroveren. Nu was het grootste probleem een gebrek aan goede leiders.

De voorlopige besturen die door de geallieerden werden geïnstalleerd bestonden voornamelijk uit oude adel. Kloosterlingen groepeerden opnieuw en eisten hun bezittingen terug, het onderwijs werd door de clerus snel uitgebouwd, een groep gewezen hoogleraren ijverden voor de heroprichting van de universiteit van Leuven: velen hoopten dat de tijd van voor de Franse inval zou terugkeren, dit was echter niet realistisch: de geallieerden beslisten er immers anders over en de sociale onderbouw voor een restauratie van het ancien regime was verdwenen. Willem van Oranje kreeg in 1814 een de leiding over een diep verdeeld en onzeker volk.

In 1790 tekenden Groot-Brittannië, Pruisen, Verenigde Provinciën en de keizer een conventie die de voorwaarden van het keizerlijk gezag vastlegde: intrekken van alle hervormingen van Jozef II.

Op binnenlands vlak keerde de rust niet terug: nieuwe golf van propaganda van jozefisten en democraten namen weerwraak, vooral de geestelijkheid werd gestigmatiseerd. Ook de slachtoffers van de hervormingen van Jozef II waren niet gelukkig, omdat de opstandelingen bijna overal hun functie behielden. Het overlijden van Leopold II versterkte de malaise. De meest radicale ontevreden bleven in Frankrijk en stichtten er in 1791 het ‘Comité des Belges et Liégeots unis’. In 1792 vielen ze de Zuidelijke Nederlanden binnen, versloegen de Oostenrijkers, richtten in alle belangrijke plaatsen een ‘club van vrienden van vrijheid en gelijkheid’, poogden de lokale besturen in handen te krijgen en uiteindelijk het land te laten opgaan in de Franse Republiek. Na gemanipuleerde verkiezingen in 1793 werd de aansluiting bij de Franse republiek gevraagd.

In de slag van Neerwinden werden de Fransen verslagen door de troepen van de nieuwe keizer Frans II. De republikeinen en jacobijnen verlieten het land. De tweede conservatieve Oostenrijkse restauratie had een gemeenschappelijke vijand: de Franse republikeinen. De traditionele machthebbers dreven hun eisen steeds hoger op. In 1794 veroverden de Fransen echter de Zuidelijke Nederlanden, Luik en Luxemburg. De keizerlijke troepen en adminstratie verlieten het land. De herinneringen aan de Franse bezetting veroorzaakte paniek en vele edelen, geestelijken en welgestelden trokken weg. De meeste keerden in 1795 echter al terug.

De eerste 15 maanden Franse bezetting waren een nachtmerrie: de meeste instellingen bleven bestaan, maar enkel om ze te plunderen, de Fransen wilden de Nederlanden laten boeten voor de verliezen die de Fransen geleden hadden geleden. Slechts een minderheid was bereid om mee te werken met de Fransen. De vroeger provincies kregen een Algemeen Bestuur, overkoepeld door een Centraal en Hoger Bestuur van België. Steeds meer inwoners waren ervan overtuigd dat de enige manier om een einde te maken aan de plunderingen de aanhechting bij de Franse Republiek was. In 1795 kwam de aanhechting: vanaf nu zouden deze gewesten een gemeenschappelijk lot kennen.

Tot 1797 liet de Franse regering het land besturen door interimregeringen. Het gebied werd opgedeeld in 9 departementen die ongeveer overeenkomen met de huidige provincies. De eerste uitdaging was de feodale structuren afschaffen en in 1797 werd de republikeinse wetgeving van kracht. Er was een probleem dat men niet genoeg administrateurs en commissarissen vond voor het bestuur. De invoering van de burgerlijke stand botste op een jarenlange stille boycot. In 1796 werden vele kerkelijke bezittingen openbaar verkocht. De mensen die dit kochten werden scheef bekeken door de rest van de bevolking.

In 1797 werden in de algemene verkiezingen bijna overal anti-Franse kandidaten verkozen. Deze afgevaardigden ijverden allen voor het herstel van de grieven van de landgenoten. De hoop op kentering werd echter ongedaan gemaakt door de staatsgreep in de Franse republiek die de tweede directoire aan de macht bracht.

Het nieuwe bewind was tegen de versoepeling van de republikeinse aanpak. De geestelijken moesten een eed van trouw aan de constitutie zweren. De weigeraars werden gedeporteerd. De polemiek voor of tegen toelaatbaarheid van de eed veroorzaakte een schisma onder de clerus.

Het publieke ongenoegen bereikte in 1798 een hoogte punt als de jonge mannen tussen werden opgeroepen voor het leger. Er braken opstanden uit die de naam kreeg: de Boerenkrijg. De training, bewapening en coördinatie van deze ‘brigands’ was echter ontoereikend en buitenlandse steun bleef uit waardoor op de meeste plaatsen de rebellie snel bedwongen werd. De repressie was gewelddadig, vooral de geestelijkheid werd gestigmatiseerd.

De oorzaken van de onrust in Luik vertonen gelijkenissen met die in de Noordelijke en Zuidelijke Nederlanden, maar toch zijn er ook specifieke zaken die samengingen met de situatie van het prinsbisdom als onderdeel van het Keizerrijk. Onder de prinsbisschop F. C. de Veldbruck (1772 – 1784) hadden de verlichte opvattingen ruim weerklank. Onder zijn opvolger C. F. van Hoensbroeck (1784 – 1792) veranderde dit: wantrouwen, censuur en afwijzen van nieuwe ideeën. Een banaal conflict deed het vuur in de plan slaan.

In het kuuroord Spa bezaten twee casino’s een monopolie, dit werd door de prinsbisschop erkend. In 1785 wilde iemand een 3^de speelzaal oprichten, de regering weigerde dit. De ondernemer ging in beroep bij de hoogste beroepsinstantie van het Duitse Rijk. Dit conflict escaleerde tot een protest tegen de autocratische bestuursvorm van het prinsdom. De oppositie organiseerde zich in 1787 in de Société patriotique. De adel steunde aanvankelijk de protesten.

Brede lagen van de bevolking werden betrokken bij het conflict door propaganda die tegen de fiscale privileges van de eerste twee standen gekant was. Door de revoluties in het buitenland was de prinsbisschop geneigd tot toegevingen: in 1789 ontnam hij een aantal privileges van de eerste twee standen. Dit kwam echter te laat en tijdens een volksoproer werd het zittende bestuur vervangen door spontaan verkozen burgemeesters.

In hun enthousiasme voor de veroverde vrijheid verzaakten de geestelijkheid en adel aan hun fiscale privileges. De eensgezindheid verdween al snel en er kwamen botsingen tussen de eerste en tweede stand die het hervormingsproces in hun voordeel trachten te buigen en de derde stand die het volk een ruimer aandeel in het bestuur wilden geven.

De hoogste beroepsinstantie, het Reichskammergericht, was onder indruk van de revolutionaire dreiging en probeerde de revolutionaire beweging in te dijken. In 1789 besliste men dat alle hervormingen die niet door de prinsbisschop getroffen waren terug geschroefd moesten worden. Pruisen handelde op eigen houtje en nam Luik in. De prinsbisschop weigerde echter in te stemmen met gelijk welk compromis, waarna Pruisen zijn mislukking moest toegeven en het Luikse grondgebied verliet. Toen het nieuwe regime verder radicaliseerde zijn veel behoudsgezinden geëmigreerd.

Na de teleurstelling in Pruisen overwoog men om in te gaan op de toenaderingsvoorstellen van de Brabantse agent Van der Noot. Sommigen hadden als doel de twee opstandige gewesten te verenigen in één republiek als onderdeel van het Duitse Rijk, dit was echter niet realistisch.

Op de conferentie van Reichenbach werd het lot van de Luikse revolutie bezegeld. De revolutionairen verwierpen elk voorstel tot onderwerping en stelden een eigen regent aan die te toenadering tot Frankrijk moest gestalte geven. Nadat Leopold II de Oostenrijkse Nederlanden had veroverd trok hij naar Luik, waar de opstandelingen zich in 1791 onderwierpen. Prinsbisschop Hoenbroeck kwam weer terug en organiseerde een harde repressie.

De Luikse revolutie mislukte door dezelfde redenen als de Brabantse: innerlijke tegenstellingen en gebrek aan buitenlandse steun. Toch bewees het gebeuren dat brede lagen van de bevolking voor vernieuwing waren.

Binnen het Comité van Breda hadden Van der Noot en Van Eupen de leiding genomen. Voor de nieuwkomers was er geen plaats in de nieuwe structuren. In 1790 kwamen de Staten-Generaal bijeen en tekenden ze de ‘Akte van Unie’: oprichting van de Verenigde Nederlandse Staten (Etats Belgiques Unis), een op confederale leest geschoeide republiek. De soevereiniteit lag bij de provinciale statenvergadering en het dagelijkse bestuur lag bij het Soeverein Congre. De bevoegdheidsverdeling was geïnspireerd op de Verenigde Provinciën.

In de praktijk werd geregeerd door Van der Noot en Van Eupen, zij verzetten zicht tegen het sleutelen aan de standen- en statenregime, want dit kon revolutionaire toestanden veroorzaken. Dit kon de kerk in gevaar brengen. De ‘nieuwkomers’ en andere democraten ijverden voor een grondige hervorming van de Staten, velen wilden een ‘assemblée nationale’ naar Frans model. Tegen die nieuwkomers of ‘vonckisten’ werd een negatieve campagne gevoerd. In het Zuid-Vlaamse platteland kwamen de boeren in opstand: ze verkozen de keizer boven de grondeigenaars en belastingheffers. Dit werd bloedig onderdrukt.

De regering slaagde er niet in steun los te krijgen van buitenlandse mogendheden, integendeel er kwam een Driebond, de Verenigde Provinciën, Pruisen en Groot-Brittannië die toenadering zocht tot de nieuwe Oostenrijkse keizer Leopold II. Ze stonden hem toe de Zuidelijke Nederlanden te heroveren als ze de traditionele instellingen zouden respecteren.

De revolutie van boven af die Jozef II beoogde mislukte omdat hij een aantal zaken fout had ingeschat: het zelfbewustzijn was te groot om zich neer te leggen bij een Gleichschaltungs-politiek, de traditionele welvaart en politieke macht van grote groepen was te groot, de maatschappelijke positie van een zeer ultramontaans gezinde clerus was te sterk. De Brabantse omwenteling was geen revolutie van onder op, maar eerder een conservatieve onderneming: het was het gevolg van een compromis waarin vele partijen hun grieven hadden ingebracht, op de eerste plaats de clerus en de traditionele lokale machthebbers.

Het belangrijkste gevolg van het hele gebeuren was waarschijnlijk de politisering van brede lagen van de bevolking. Het aandeel van de kerkelijke problematiek en de clerus zou de politieke opdeling van het land tekenen: klerikaal – antiklerikaal.